项目经费严禁用于违反法律法规、违反中央八项规定精神、违背科学共同体公认道德等行为，除此之外，设立包干经费使用负面清单，列入清单的相关行为禁止。上级主管部门对包干制科研经费管理另有规定的，按照上级政策执行。
一、自然科学类项目
1.在设备费中列支通用办公设备。
2.在业务费中列支普通办公耗材、通用操作系统及办公软件；委托不具备相关资质或经营范围不符的单位开展测试化验加工任务等违规转包；超标准列支会议费或列支与会议无关的其他费用。
3.以假借参与项目研究的研究生、博士后、访问学者以及临时聘用的研究人员、科研辅助人员、科研财务助理名义或虚构人员名单等方式冒领套取劳务费；超范围、超标准发放专家咨询费和劳务费等；以劳务费形式发放应由单位承担的其他人员工资等。
4.项目资金未按规定进行单独核算，外拨资金未按照合作研究协议，无故随意调整外拨资金，列支与项目无关的设备费、材料费、测试化验加工费、版面费、差旅费、会议费等费用。
5.以材料费、测试化验加工费等名义向存在利益输送关系的关联单位或特定关系人等变相转拨项目经费。
6.其他法律、法规以及政策文件或依托单位明确不得开支的内容。
7.其他以虚构经济业务、编造虚假合同、使用虚假票据方式套取科研经费的行为。
二、社会科学类项目
1.违规列支论文版面费，以及发表阶段的润色、编辑、翻译等费用。
2.以假借参与项目研究的研究生、博士后、访问学者以及临时聘用的研究人员、科研辅助人员、科研财务助理名义或虚构人员名单等方式冒领套取劳务费；超范围、超标准发放专家咨询费和劳务费等；以劳务费形式发放应由单位承担的其他人员工资等。
3.报销与项目研究无关的个人消费支出（包括但不限于个人通讯费、个人交通费、家庭生活用品、娱乐消费等）。
4.其他法律、法规以及政策文件或依托单位明确不得开支的内容。
5.其他以虚构经济业务、编造虚假合同、使用虚假票据等方式套取科研经费的行为。